1998年，东莞市农村集体资产管理办公室（简称市农资办）成立，内设文秘、综合培训、财务管理和农村审计等4个科室。32个镇（街道）分别设立农村集体资产管理、资产交易服务和农村审计等机构，实现“管审分离”（即财务管理与财务审计分离），避免农村集体资产管理机构既当“运动员”又当“裁判员”。市农资办组建以来，积极配合市委市政府和市农业农村局开展工作，不断完善农村集体资产管理政策体系，逐步形成了“十管齐下”农村集体资产管理体系，有力促进了集体经济发展。至2024年底，东莞村组两级集体总资产2870.9亿元，同比增长6.5%；纯收入248.4亿元，增长1.7%。

一是民主理财。90年代中期，率先提出并全面按照“公布地点公众化、公布专栏橱窗化、公布内容通俗化、热点问题专项化”的标准进行农村财务公开。在集体经济组织规范设立股东大会、股东代表大会、理事会、监事会，完善内部法人治理。根据省委“一肩挑”的精神，有条件的村（社区）积极推行党组织书记、村（居）委会主任、集体经济组织负责人三个职务“一肩挑”、理事会成员与村两委交叉任职、股东代表与村民代表一套人马管理。在2021年完成的理事会换届选举，村（社区）党组织书记兼任村（居）委会主任和经联社理事长的有530个，占比99.3%；理事会成员与村两委交叉任职的占83.5%。

二是财务监管。从1999年起，率先全面推行农村会计委派制、出纳专职化、财会电算化，有效地减少了行政权力对财会工作的干预，实现了专职财会队伍向基层延伸、反腐败关口向基层前移。目前，全市共有村组委派会计和专职出纳2000多人。2016年，在大朗、常平、东城、南城开展推行农村会计主管工作试点，探索通过调整委派会计角色定位、调整财务工作组织形式、调整人员经费供给渠道，解决农村财务监管的“专业性”、财务运作的“协调性”、会计队伍的“中立性”的可行途径。目前，全市有27个镇街、459个村（社区）实施了会计主管工作，镇村占比均超过八成。

三是审计监督。从2003年起，率先以市级规范性文件出台农村干部任期经济责任审计办法，打开了“有地方性的审计规章、有市镇上下连贯的审计机构、有专业资质的审计队伍、有常规性和专项性相结合的审计活动”的局面，增强了管理工作的震慑力。2019年，在全省地级市率先实行村组“一年一审”全覆盖，实现从“三年一审”向“一年一审”、从“村级全审”向“村组全审”、从重制度监管审计向兼顾经济效益等审计“三个转变”。

四是审查监控。从2007年起，全面推行集体经济组织重大事项审查制度，由镇街业务主管部门对村组重大经济事项的合规性和程序性进行审查，进一步规范了农村干部的决策行为，提高了经营管理的透明度。近5年来，全市共审查重大事项11.4万宗，涉及金额4485.6亿元。

五是统计监测。从2009年起，在农村集体经济年度统计和季度统计制度基础上，实行月度统计和季度通报制度，及时对存在问题作出指导。从2012年起，被列为市经济形势分析联席会议成员单位，按月向市政府提供集体经济运行情况。从2014年起，结合农村“三资”监管平台的建设，实现了对村组开支的实时监控。2019年以来，陆续增加村组集体乡村振兴投入、城市更新改造项目、村组回购物业、资金理财、下属单位管理、土地款个人分配等指标，不断完善统计监测体系。

六是责任追究。2009年，出台了违反农村集体资产管理行为责任追究办法，通过扣减薪酬、通报批评、建议罢免等手段，弥补村组干部违规难究的制度缺失，促进管理制度落实。近5年来，全市共追究违规事项97762宗，其中责令改正92342宗；通报批评5022宗；扣减干部薪酬214宗；建议股东代表大会处理1宗；移交纪检司法部门处理183宗。

七是薪酬激励。2011年，出台了全市统一的农村干部薪酬管理办法，通过规范薪酬结构、水平、发放、扣减等事项，建立自然增长、绩效挂钩、封顶补底等机制，解决镇街之间农村干部薪酬结构不一、差距偏大、与工作绩效脱节等问题，提高农村干部工作积极性。

八是督查考评。从2012年开始，市委、市政府将村组增资减债等工作纳入重点督查考评事项，考评结果作为评价镇街领导班子落实科学发展观工作实绩的依据，营造了领导重视、齐抓共管的良好氛围。

九是阳光交易。从2013年起，在镇（街道）全面建立了农村集体资产交易平台，免费为村组提供资产交易服务。从2015年在全国率先探索开发集体资产网上交易系统，并于2016年在全市全面推广集体资产网上交易。2016年探索开发“东莞村财”APP，满足随时随地参与交易活动的需求，目前注册用户数已达43.8万。截至2024年底，全市累计成功开展集体资产交易项目约18.7万宗，成交金额约2561.1亿元，总体溢价率6.4%，全市成功交易的集体资产成交合同总金额对比以交易底价计算的合同总金额溢价约154.8亿元。

十是预算管理。在2014年开展试点的基础上，出台了全市性指导意见，于2015年全面铺开。通过统一规范村级预算的内容、表式和程序，使集体的收支更有计划；严控人员薪酬和公费考察预算，建立村级预算工作评价机制。2018年印发完善村级预算工作若干指引，进一步细化工作指导，提高预算效果。